上海中医药大学附属曙光医院在多个专科领域具有显著优势，以下为综合实力突出、诊疗水平领先的科室及特色：
一、肝胆病科
- 全国顶尖：中医肝胆病诊疗居全国榜首，尤其擅长乙肝、脂肪肝、肝硬化、肝脏肿瘤等疾病，汇聚多位“上海市名中医”，吸引大量外地患者。
二、肛肠科
- 中西医结合治疗：确诊率及治疗质量在上海领先，术后辅以足底反射、穴位贴敷等中医护理手段，住院环境舒适且医保报销便捷。
- 学科地位：东院肛肠科为国家中医药管理局“十三五”重点专科，西院同样具备优势。
三、中医特色科室
- 中医科（西院）
- 强调整体化诊疗，综合针灸、推拿、中药等传统手段，覆盖内、外、妇科等疾病，遵循“能中不西”原则。
- 中医外科（西院）
- 甲状腺专病为上海市特色项目，采用自研甲亢方、甲瘤方等，治疗甲状腺腺瘤、结节等效果显著。
- 前列腺专病以中医内外兼治为主，针对慢性前列腺炎、增生症疗效独特。
四、其他优势科室
- 儿科（东院）：国家中医药管理局重点专科，依托名老中医工作室，中西医结合治疗小儿疾病。
- 心血管内科（西院）：主攻冠心病、心力衰竭，中西医结合联合内外科全程管理。
- 肝硬化科（东院）：全国唯一连续承担国家肝病科研项目的中医科室，危急重症肝病诊疗特色突出。
五、普外科
- 常规开展胃肠道、肝胆胰脾、甲状腺等良恶性疾病手术，技术成熟。
