三级医院和二甲医院的主要区别在于以下几个方面：

1. 等级划分：根据《医院分级管理标准》，医院经过评审确定为三级，每级再划分为甲、乙、丙三等，其中三级医院增设特等，因此医院共分三级十等。二甲属于二级甲等医院，三甲属于三级甲等医院。

2. 医疗水平：三甲医院当中的高职称级别的医生较多，且科室划分较细，对于危重症疾病具有一定诊疗水平。而二甲医院承担地区常见病、多发病的诊治，对于重症以及疑难病例，需要转诊至三甲医院。

3. 医院任务：三甲医院承担着教学、医疗、科研等任务，但二甲医院主要承担医疗任务。

4. 床位数：根据医院分级管理标准，医院病床编设的原则为二级医院病床数不少于100张，三级医院病床数不少于500张。

5. 科研能力：科学研究是医院的另一个基本任务。由于三甲医院的就诊人数较多，且疑难杂症较多，故需要承担的科研立项，承担医学院校学生的见习、实习，以及二甲医院的进修学习。但二甲医院承担着基层医疗工作者进修、学习。

6. 人员配置：二甲医院每床至少配备0.88名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，至少有3名具有副主任医师以上职称的医师，各专业科室至少有1名具有主治医师以上职称的医师。三甲医院每床至少配备1.03名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，各专业科室的主任应具有副主任医师以上职称，临床营养师不少于2人，工程技术人员（技师、助理工程师及以上人员）占卫生技术人员总数的比例不低于1%。

7. 科室设置：二甲医院的临床科室：至少有急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、麻醉科、传染科、预防保健科。二甲医院的医技科室：至少设有药剂科、检验科、放射科、手术室、病理科、血库（可与检验科合设）、理疗科、消毒供应室、病案室。三甲医院的临床科室：设急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、中医科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、皮肤科、麻醉科、康复科、预防保健科。三甲医院的医技科室：至少设有药剂科、检验科、放射科、手术室、病理科、输血科、核医学科、理疗科（可与康复科合设）、消毒供应室、病案室、营养部和相应的临床功能检查室。

8. 设施配置：二甲医院每床建筑面积不少于45平方米；病房每床净使用面积不少于5平方米；日平均每诊人次占门诊建筑面积不少于3平方米。三甲医院每床建筑面积不少于60平方米；病房每床净使用面积不少于6平方米；日平均每门诊人次占门诊建筑面积不少于4平方米。

三甲医院在多个方面都优于二甲医院。