康复科医保报销的时长因地区政策以及疾病类型不同而有所差异，以北京、广东、云南等地为例：

• 北京：自 2024 年 11 月 1 日起，参保人员因中枢神经系统疾病及损伤进行物理、康复治疗的，需在发病后 6 个月内开始治疗，医疗保险基金支付自开始康复治疗 12 个月内的费用；因其他疾病进行物理、康复治疗的，需在发病后 3 个月内开始治疗，医疗保险基金支付自开始康复治疗 6 个月内的费用。参加城乡居民基本医疗保险的学生儿童，因患脑瘫进行康复治疗的，其发生的康复治疗费用符合基本医疗保险报销范围的，1 岁以前医疗保险基金支付不超过 12 个月；1 岁以后至 3 岁以前每年支付不超过 6 个月；3 岁以后，每年支付不超过 3 个月。
• 广东：2024 年 7 月 1 日开始在全省开展康复病种医保支付方式改革，第一批选取脑梗死、脑出血、脑肿瘤、颅脑损伤、脊髓损伤等五大类疾病开展按床日付费。参保患者在康复期住院治疗期间，原则上在 60 天内未达到出院标准的，医疗机构不得让患者出院或转院。
• 云南：根据《云南省医疗保障局关于规范基本医疗保险康复项目限定支付条件的通知》，医保按最长不超过 90 天的康复治疗期限进行支付，超过规定治疗期需要继续康复治疗的，由医师出具康复治疗证明后，患者自费继续实行康复治疗，医保基金不再支付。

舟山市规定孤独症儿童康复治疗项目医保支付期限原则上每年不超过 90 天，对超过规定支付期限的患儿，经具有康复诊疗资质的医疗机构评估申请后，原则上可延长支付期限 3 个月。