根据《关于水土保持补偿费收费标准（试行）的通知》，水土保持补偿费收费标准如下：
- 一般性生产建设项目：按照征占用土地面积一次性计征，东部地区每平方米不超过 2 元，中部地区每平方米不超过 2.2 元，西部地区每平方米不超过 2.5 元。对水利水电工程建设项目，水库淹没区不在水土保持补偿费计征范围之内。
- 开采矿产资源的：建设期间，按照征占用土地面积一次性计征，具体收费标准按照一般性生产建设项目执行。开采期间，石油、天然气以外的矿产资源按照开采量（采掘、采剥总量）计征。石油、天然气根据油、气生产井（不包括水井、勘探井）占地面积按年征收，每口油、气生产井占地面积按不超过 2000 平方米计算；对丛式井每增加一口井，增加计征面积按不超过 400 平方米计算，每平方米每年收费不超过 2 元。
- 取土、挖砂（河道采砂除外）、采石以及烧制砖、瓦、瓷、石灰的：根据取土、挖砂、采石量，按照每立方米 0.5 - 2 元计征（不足 1 立方米的按 1 立方米计）。对缴纳义务人已按前两种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
- 排放废弃土、石、渣的：根据土、石、渣量，按照每立方米 0.5 - 2 元计征（不足 1 立方米的按 1 立方米计）。对缴纳义务人已按前三种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
上述各类收费具体标准由各省、自治区、直辖市价格主管部门、财政部门会同水行政主管部门根据本地实际情况制定。例如，重庆市的水土保持补偿费收费标准如下：
- 一般性生产建设项目按照征占用土地面积一次性计征，收费标准为每平方米 1.4 元。
- 开采矿产资源的，建设期间，按照一般性生产建设项目标准执行。开采期间，石油、天然气（含页岩气）每平方米每年 1.4 元；石油、天然气（含页岩气）以外的矿产资源按照开采量（采掘、采剥总量）每吨 0.3 元。
- 取土、挖砂（河道采砂除外）和采石及烧制砖、瓦、瓷（陶）、石灰，每立方米 0.5 元。
- 排放废弃土、石、渣，每立方米 0.5 元。
安徽省决定 2025 年 1 月 1 日至 2025 年 12 月 31 日，取得水土保持方案行政许可的一般性生产建设项目和开采矿产资源的生产建设项目（建设期），以及取土、挖砂（河道采砂除外）、采石，烧制砖、瓦、瓷、石灰，排放废弃土、石、渣的生产建设活动水土保持补偿费继续按现行收费标准 80% 收取。
