以下是一些常见可申请特殊门诊的疾病：
- 心血管系统疾病：冠心病、高血压（达到一定级别或伴有并发症）、慢性心力衰竭、风湿性心脏瓣膜病、肺源性心脏病、心房颤动等。
- 内分泌及代谢疾病：糖尿病（常伴有并发症）、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、血友病、地中海贫血（重型和中间型）等。
- 消化系统疾病：肝硬化（失代偿期）、慢性肝炎（乙型、丙型活动期等）、肝豆状核变性等。
- 神经系统疾病：帕金森病、帕金森综合征、癫痫、脑血管意外后遗症（脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血后遗症）、阿尔茨海默病、脊髓侧索硬化症等。
- 精神系统疾病：精神分裂症、心境障碍（抑郁躁狂症）、偏执性精神障碍、分裂情感障碍、癫痫所致精神障碍、精神发育迟滞伴发精神障碍、重性精神病、抑郁症（限重度）等。
- 免疫系统疾病：类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、干燥综合征、原发性免疫性血小板减少症等。
- 泌尿系统疾病：慢性肾功能不全（非肾透析或肾透析）、肾病综合征等。
- 血液系统疾病：再生障碍性贫血、恶性肿瘤（各种癌、白血病、恶性淋巴瘤等）、骨髓增殖性疾病等。
- 其他疾病：慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘（限中度及以上）、银屑病、器官移植（肾、肝、心脏、肺等）术后抗排异治疗、丙型肝炎、艾滋病、耐药性结核病、肺动脉高压等。
需要注意的是，不同地区的医保政策不同，特殊门诊的疾病种类和认定标准也可能存在差异。例如，北京市门诊特殊病种包括 C 型尼曼匹克病、中重度过敏性哮喘生物制剂治疗等，而广西柳州市鱼峰区则将脑瘫、血友病等列入门诊特殊慢性病病种。
