备案注销的房屋租赁合同仍然存在的原因可以从以下几个方面进行解释：
1. 备案注销的定义和法律规定
根据《商品房屋租赁管理办法》第十九条的规定，房屋租赁合同备案后，如果租赁关系发生变化（如续租或终止），当事人应当在三十日内到原备案部门办理变更、延续或注销手续。备案注销主要是为了在房产管理部门的系统中更新租赁状态，确保信息的准确性和完整性。
2. 备案注销的法律效力
备案注销本身并不直接影响租赁合同的法律效力。租赁合同是否有效主要取决于合同本身的条款和履行情况，而不是备案状态。即使备案被注销，租赁合同在双方未解除合同的情况下仍然具有法律约束力。
3. 备案注销后的实际影响
- 租赁关系未解除：如果租赁合同仍然有效，双方未办理合同解除手续，备案注销不会终止租赁关系。合同中的权利和义务仍然对双方有效。
- 行政管理角度：备案注销有助于管理部门准确掌握租赁市场的动态，避免信息混乱。如果未注销，在后续涉及房屋租赁状态的相关事务（如办理新的租赁备案或房屋买卖）时，可能会带来一定的困扰。
- 法律后果：未按规定注销备案可能面临罚款（个人1000元以下，单位1万元以上），但这种情况通常不会直接导致合同无效。
4. 建议的解决措施
如果房屋租赁合同已经履行完毕且双方无争议，建议按照法律规定及时办理备案注销手续，以避免后续不必要的麻烦。如果合同尚未解除，双方应明确合同状态，并根据实际情况决定是否需要注销备案。
总结来说，备案注销不会使房屋租赁合同无效，但未注销可能会对后续相关事务产生一定影响。建议根据实际情况妥善处理备案问题，确保符合法律规定。
