如果医疗机构在申请医保定点时弄虚作假，根据相关规定，将会受到严厉的处罚。以下是可能面临的后果：

1. 不予受理申请：以弄虚作假等不正当手段申请定点，自发现之日起未满3年的，将不予受理其定点申请。

2. 解除现有协议：如果已经成为了定点医疗机构后被发现有弄虚作假行为，医疗保障经办机构有权解除与该医疗机构签订的医保服务协议，并且协议关系不再存续。

3. 法律责任：根据《中华人民共和国社会保险法》和《医疗保障基金使用监督管理条例》，骗取医疗保障基金支出的行为将由医疗保障行政部门责令退回非法所得，并处以骗取金额2倍以上5倍以下的罚款；同时，可以责令定点医药机构暂停相关责任部门6个月以上1年以下涉及医疗保障基金使用的医药服务，直至解除服务协议；对于有执业资格的人员，还可以由有关主管部门依法吊销其执业资格。

4. 公开曝光和社会信用影响：除了经济处罚外，违法行为可能会被公开曝光，影响到医疗机构及其相关人员的社会信用记录。

5. 刑事责任：若构成犯罪，将依法追究刑事责任。

因此，医疗机构在申请成为医保定点单位时应严格遵守法律法规，确保提交的所有信息和材料都是真实有效的。一旦发现有违规行为，不仅会对当前的申请产生负面影响，还可能对未来几年内的再次申请造成障碍，并带来严重的法律后果。