根据相关法律法规和搜索结果，灵活就业人员停缴社保两年是否需要申请，需根据具体情况判断：

一、停缴社保的合法性

1. 主动停缴

   若因个人原因主动停止缴纳社保（如失业、创业、经济困难等），需向当地社保局提交书面申请，并提供身份证、经济困难证明等材料。部分地区（如成都）已实现“税务端自行申报缴费”，未签订银行批扣协议的人员可直接作废批扣协议。

2. 被动停缴

   若因用人单位未依法缴费导致断缴，需通过劳动保障部门投诉或举报，要求其补缴。

二、补缴政策限制

1. 补缴年限限制

   社保补缴最多只能补缴2年，超过2年的部分将无法补缴。若断缴期间未超过2年，可续保时补缴停保或断缴期间的费用，且缴费年限可累计计算。

2. 违规补缴限制

   若因用人单位未缴导致断缴，且超过2年未被发现或举报，社保局将不予受理补缴申请。

三、建议操作步骤

1. 咨询确认

   通过当地社保局官网或线下窗口确认停缴流程及所需材料。

2. 提交申请

   准备身份证、申请表、经济困难证明等材料，提交至社保局。

3. 关注政策变化

   社保政策可能调整，建议定期关注当地社保部门通知，避免因政策变化影响权益。

四、注意事项

• 影响退休待遇 ：社保缴费年限越长，退休后基础养老金和过渡性养老金越高，建议尽量保持缴费。

• 避免断缴风险 ：若因欠费导致断缴，可能影响个人信用记录和未来就业。

综上，灵活就业人员停缴两年需主动申请，并需符合当地政策规定。