灵活就业社保三个月未扣费的原因可能有以下几种：

1. 账户余额不足 ：灵活就业人员的社保账户余额可能不足以支付当月的社保费用。

2. 银行账户信息错误 ：如果银行账户信息填写错误或未及时更新，可能导致社保系统无法正常扣费。

3. 账户已注销或冻结 ：如果银行账户被注销或冻结，将无法完成社保费用的自动扣款。

4. 银行系统故障或维护 ：银行系统可能出现故障或维护，导致暂时无法进行扣费操作。

5. 未按时足额缴费 ：灵活就业人员未按时足额缴费，导致缴费中断。例如，南京要求个人务必于每月24日前缴费，连续三个月补缴医保关系中断，后面再交多少钱都不会扣费。

6. 失业人员申领失业保险金 ：失业人员申领了失业保险金后，按规定个人可以不缴医保费，由失业保险代缴。

7. 政策变动 ：政府有时会根据经济状况和社会需求调整社保政策，包括缴费基数、比例和免缴等措施，这可能影响扣费情况。

8. 系统故障或维护 ：社保缴纳系统可能出现故障或维护，导致暂时无法进行扣费操作。

9. 缴费周期变动 ：社保缴费周期有变动，如从月缴改为季缴或年缴，可能导致某月未出现扣费记录。

10. 单位原因 ：有些单位可能由于管理不善或者其他原因，导致没有及时为员工缴纳社保和公积金。

11. 个人原因 ：有些个人可能由于疏忽或者其他原因，没有及时缴纳社保和公积金。

建议灵活就业人员及时检查自己的社保账户和银行账户，确保信息准确无误，并在规定时间内足额缴纳社保费用，以避免出现扣费问题。如果问题仍未解决，建议咨询当地社保部门或银行，了解具体原因并寻求帮助。