深圳一档和二档社保主要在以下方面存在区别：
- 缴费标准 ：
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养老保险 ：一档和二档的缴费比例相同，单位缴纳比例为14%（深户单位为15%），个人缴纳比例为8%。
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医疗保险 ：
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一档：以职工月工资总额为缴费基数，缴费比例为8.2%（非企业单位为7.2%），其中单位缴纳6.2%（非企业单位为5.2%），个人缴纳2%。
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二档：缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，缴费比例为0.8%（含生育保险），单位缴纳0.6%，个人缴纳0.2%。
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失业保险 ：单位和个人的缴费比例都是0.7%，各档之间没有区别。
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工伤保险 ：根据行业类别确定缴费比例，各档之间没有区别，单位缴费比例在0.14% - 1.14%之间。
- 医疗待遇 ：
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就医原则 ：
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一档：参保人可以在深圳市内任一定点医疗机构就医，不受医院级别限制。
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二档：参保人需要先在绑定的社康中心就医，若病情需要，可通过社康中心的转诊，到上级医院就诊。
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门诊待遇 ：
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一档：个人账户用于支付门诊医疗费用，在医保目录内的费用，个人账户余额充足的情况下可以直接支付，而且报销比例较高。
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二档：在绑定社康中心看门诊，可以享受医保统筹基金报销，甲类药品报销比例为80%，乙类药品报销比例为60%。
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住院待遇 ：
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一档：住院报销比例根据医院级别等因素有所不同，在一级医院的报销比例可以达到90%。
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二档：住院报销比例较一档略低，具体比例未明确提及，但通常会比一档低1%~2%。
- 个人账户和家庭共济 ：
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个人账户 ：
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一档：个人账户积累额超过本市上年度在岗职工平均工资的5%，超过的部分可以到定点药店购买医保目录范围的非处方药；可以为本人及其已参加本市基本医疗保险的配偶和直系亲属支付其在定点医疗机构就诊时自付的基本医疗费用、地方补充医疗费用；可以为本人及其已参加本市基本医疗保险的配偶和直系亲属的健康体检、预防接种费用。
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二档：无个人账户积累额超过一定金额后可以使用的相关规定。
- 其他待遇 ：
- 门诊大病 ：二档参保人门诊大病在规定医疗机构就医。
综上所述，深圳一档和二档社保在缴费标准和医疗待遇方面存在明显差异，主要体现在医疗保险的缴费比例、缴费基数、就医原则、门诊待遇、住院待遇以及个人账户和家庭共济等方面。一档的缴费基数和比例较高，医疗待遇也相对较好，而二档的缴费基数和比例较低，医疗待遇相对较差。建议根据自身情况选择合适的社保档次，以确保享受到相应的医疗保障。
