新农合门诊自费后报销的流程如下：

1. 在乡、村两级定点医疗机构就诊 ：

• 参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用。门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分由参保农民现金结算。

2. 因慢性病和重大疾病在省市定点医疗机构就诊 ：

• 参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算。经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。

3. 在定点医疗机构就诊并直接结算 ：

• 在定点医疗机构就诊时，出示新农合或身份证，由医院直接从新农合账户中扣除相应的报销金额，并给出结算单。这适用于住院和门诊，在当地或异地都可以使用。

4. 非定点医疗机构就诊 ：

• 在非定点医疗机构或没有带新农合卡或身份证时就诊，先自付全部费用，并保留好发票和相关证明材料，然后到当地新农合管理部门申请补偿。

5. 市外定点医疗机构就诊 ：

• 在市外定点医疗机构就诊的患者，需先到县农村合作医疗管理办公室办理转诊备案手续，携带患者身份证、新农合医疗证等证件。出院后，患者需收集医疗费用原始收据、费用明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、身份证、户口簿等材料，并在出院后的3个月内提交到区服务中心或新农合管理部门。审核通过后，报销的费用会打到患者指定的银行账户中。

6. 特殊病种门诊报销 ：

• 患者需持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业务管理中心提出申请。审核批准后，报销的费用会按照相关规定进行报销。

建议：

• 尽量在定点医疗机构就诊，以便直接使用新农合进行报销，减少后期手续和费用。

• 对于慢性病和重大疾病，及时办理转诊备案手续，确保能够顺利报销。

• 保留好所有就医相关的发票和证明材料，以便在需要时提交报销申请。