根据相关政策和操作流程，灵活就业人员缴纳社保是否可以通过社保卡直接扣款，需根据当地具体规定和缴费方式判断，主要分为以下几种情况：

一、银行代扣代缴方式

1. 绑定社保卡自动扣款

多数地区支持将社保卡与银行卡绑定，税务部门或银行会按月自动从社保卡关联的银行账户中扣除社保费用。需在办理社保卡时同步绑定银行卡，并确保账户内有足够资金。

2. 银行柜台办理代扣

若未绑定银行卡，可持身份证和社保卡到银行柜台签订三方协议，指定银行账户代扣社保费。部分银行（如建设银行）还支持现场现金缴费。

二、其他缴费方式

1. 线上自主缴费

通过当地社保经办机构或政府平台（如手机小程序）自主缴纳社保费，操作便捷且可实时到账。

2. 线下代缴服务

部分地区允许通过社保经办机构或指定网点柜台办理现金缴费。

三、注意事项

1. 缴费时间要求

需在每月规定时间（如25日前）前完成缴费，避免因账户余额不足导致扣款失败。

2. 补贴申领条件

若涉及社保补贴（如淮南市就业困难人员补贴），需先正常缴纳社保，补贴按流程申领，补贴金额不直接从社保费中扣除。

3. 地区政策差异

具体操作可能因地区政策不同存在差异，建议咨询当地社保或税务部门确认。

综上，灵活就业人员可通过社保卡绑定银行实现自动扣款，但需确保账户资金充足，并关注当地最新政策规定。