北京市农村合作医疗的补交缴费流程如下：

1. 单位经办人员携带资料到征缴窗口办理医疗保险补缴录入手续 。

2. 用人单位持补缴表到社会保险经办机构缴费 。

3. 用人单位携交款发票，由社保经办机构人员在社保部门办理意见栏签字并加盖业务章 。

4. 用人单位凭盖章及相关材料到医保科重新认定医疗保险视同缴费年限 。

5. 用人单位重新认定年限后，办理在职转退休手续 。

此外，还可以通过以下方式补缴：

• 线下集中收缴 ：携带户口簿、身份证原件到村委会指定地点填写《参合登记表》，现场缴纳现金并获取财政专用收据。

• 村集体代缴 ：适用于村集体经济实力较强的地区，需经村民代表大会表决通过，代缴名单需公示7天，次年续保需重新确认意愿。

• 乡镇经办点自缴 ：携带户口簿原件及复印件、身份证原件及正反面复印件、上年度的缴费凭证，到乡镇便民服务中心新农合窗口办理。

• 线上缴费 ：通过微信搜索"XX省税务"公众号，进入"社保缴费"->"城乡居民医保"，输入身份证号完成支付。

建议选择线上缴费或到乡镇经办点自缴，这两种方式较为便捷。线上缴费只需通过微信操作即可完成，而乡镇经办点自缴则需要携带相关证件到指定地点办理。