肇庆市新农合住院报销比例根据医疗机构等级和参保类型有所不同，具体如下：

一、报销比例标准

1. 乡镇卫生院

• 起付线以下（含）300元：报销30%

• 起付线以上至2000元：报销70%

• 超过2000元：报销50%

2. 县级定点医疗机构

• 起付线以下（含）500元：报销25%

• 起付线以上至1万元：报销65%

• 超过1万元：报销50%

3. 二级医院

• 起付线以下（含）500元：报销25%

• 起付线以上至1万元：报销55%

• 超过1万元：报销50%

4. 三级医院

• 起付线以下（含）1000元：报销20%

• 起付线以上至1万元：报销45%

• 超过1万元：报销40%

二、其他注意事项

1. 辅助检查项目报销

• 新脑电图、X光、CT等基础检查项目限额200元报销。

2. 特殊病种门诊报销

• 指定病种（如恶性肿瘤、地中海贫血等）门诊费用可额外增加5%报销比例，具体病种范围需参照当地目录。

3. 异地就医报销

• 转诊至市外定点医疗机构报销比例比市内降低10个百分点（如三级医院市内80%，市外降至70%）。

三、政策调整说明

• 封顶线 ：2025年肇庆市新农合住院报销封顶线统一提高至5万元，特殊病种大额门诊补偿范围进一步扩大。

• 动态调整 ：不同级别医院报销比例差异较大，建议患者根据病情选择医疗机构以优化费用报销。

以上信息综合了2023-2025年肇庆市医保政策文件，具体执行以当年最新规定为准。