新农合一档和二档的报销比例存在一定的差异，具体如下：
- 缴费金额 ：
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一档：350元/人·年。
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二档：980元/人·年。
- 住院报销比例 ：
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一档：
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一级医院：85%（基本药物为90%）。
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二级医院：70%。
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三级医院：55%。
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二档：
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一级医院：85%（基本药物为90%）。
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二级医院：75%。
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三级医院：65%。
- 门诊报销比例 ：
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普通门诊：在乡镇级医疗机构报销比例通常较高，可达70%左右，在村卫生室年度封顶线为当年个人缴费的60%。
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特殊病种门诊：报销时不设起付线，在相应病种年度报销限额内，按新规范围内费用的70%（乙类项目先由个人自付一定比例后计算）报销。
- 其他说明 ：
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新农合政策范围内的住院费用和报销比例也由60%提高到了70%，最高的支付限额已经从3万元提高到不低于5万元。
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各地还将普遍开展新农合的门诊统筹，农民门诊就医也可以按照比例来报销。
综上所述，新农合一档和二档在缴费金额和住院报销比例上均有明显的差异。一档的缴费金额较低，但报销比例也相应较低；二档的缴费金额较高，报销比例则相对较高。建议农民根据自身的经济状况和健康状况选择合适的缴费档次，以最大化地享受医疗保障待遇。
