灵活就业医保低档交费没有余额的原因主要有以下几点：

1. 低档交费不设立个人账户 ：灵活就业人员如果选择低档交费，通常是按照4%左右的缴费比例来缴纳医保费用，这种情况下不会建立个人医保账户，因此不会往个人账户里返款，导致医保卡上没有余额。

2. 缴费金额不足 ：有些地方的医保政策规定，只有缴纳了一定金额的医保费用后，医保卡上才会按照一定比例划入资金。如果灵活就业人员缴纳的金额不够多或者时间不够长，医保卡上就可能没钱。

3. 未生效或断缴 ：灵活就业人员缴纳的职工医保可能需要六个月以后才能生效，在这之前不会往个人社保卡里返钱。此外，如果因为各种原因漏缴或者断缴了医保，之前的缴费年限可能作废，医保卡上的余额也可能会被清零。

4. 查询方式不正确 ：有时候，由于查询方式不正确，可能会误以为医保卡上没有余额。例如，在ATM机上查询余额时，只会显示银行卡账户中的余额，而不会显示医保账户的余额。

5. 政策差异 ：不同地区的医保政策有所不同，有些地方可能规定灵活就业人员必须按照一定档次交费才能享受医保待遇，否则医保卡上不会有钱。

综上所述，灵活就业医保低档交费没有余额的主要原因是低档交费不设立个人账户，导致没有资金划入医保卡。此外，缴费金额不足、未生效或断缴、查询方式不正确以及不同地区的政策差异等因素也可能导致医保卡上没有余额。建议灵活就业人员在选择医保档次时，要了解清楚当地的政策规定，确保能够享受到应有的医保待遇。