公司扣除流产生育津贴是不合理且不合法的 。依据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工在产假期间应享有生育津贴，且该津贴的发放不应受到用人单位的影响或扣除。具体而言，对于已参加生育保险的女职工，生育津贴按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对于未参加生育保险的，则按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。

若公司擅自扣除生育津贴，女职工可采取以下措施维护自身权益：

1. 与用人单位沟通协商 ：首先尝试与用人单位沟通，明确表达诉求并要求其支付应得的生育津贴。

2. 申请劳动争议调解 ：若协商无果，可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其介入调解。

3. 提起劳动仲裁 ：若调解未果，可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，依法维护自己的合法权益。

4. 向法院提起诉讼 ：对于仲裁结果不满的，还可向法院提起诉讼，寻求进一步的法律救济。

此外，根据《女职工劳动保护特别规定》，用人单位不得在女职工产假期间降低其工资、辞退或者以其他形式解除劳动合同。因此，公司扣除生育津贴的行为也违反了相关法律规定。

综上所述，公司扣除流产生育津贴的行为不仅不合理，而且违反了相关法律法规。女职工应积极采取措施维护自己的合法权益，确保能够全额获得应得的生育津贴。