昌吉空气质量差的原因主要有以下几点：

1. 耗煤量大 ：昌吉市及周边地区燃煤能源消耗仍然很大，虽然昌吉市耗煤量有所下降，但周边五家渠、呼图壁、石河子耗煤量的大幅增高，导致昌吉市空气质量改善效果不明显。

2. 气候原因 ：昌吉市属于中温带典型的大陆性干旱气候，冬季寒冷阴雾天气多发，且处于“乌昌石同防同治区域”的中心地带。不利的气象条件如静稳、高湿、逆温等，使得污染物在山前累积，形成重污染。

3. 工业排放不达标 ：乌昌石区域内排污企业多，工业园区配套的环保设施建设不到位，尽管乌鲁木齐和昌吉市都已执行大气污染特别排放限值，但工业排放仍然不达标。

4. 地形结构 ：昌吉州南部山地为天山山区，整体地势南高北低，呈阶梯状，中部为广袤的冲积平原，北部为浩瀚的沙漠盆地，这种地形结构更易造成污染物在山前累积，形成重污染。

5. 大气环境容量小 ：由于地形和气候原因，昌吉州及周边地区大气环境容量相对较小，特别是在秋冬季节，环境容量被显著压缩，导致污染程度明显加剧。

6. 区域传输作用 ：大气中的污染物会在风的作用下随气团一起传输，传输过程中还会一路裹挟局地污染物，使污染气团越聚越浓，导致大面积的区域性重污染。

7. 不利气象条件触发重污染 ：特殊不利气象条件下，如静稳、高湿、逆温等，化学转化产生的二次PM2.5成为重污染的主流，且重污染天气会使气象条件更为不利。

综上所述，昌吉空气质量差的原因是多方面的，包括高耗煤量、不利的气候条件、工业排放不达标、地形结构、大气环境容量小以及区域传输作用等因素的叠加影响。要改善昌吉的空气质量，需要从这些方面综合入手，采取有效的治理措施。