灵活就业社保在断缴了三个月的情况下 是可以 补缴的。具体依据如下：

1. 《社会保险法》第六十三条 ：用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金。用人单位逾期仍未缴纳或者补足社会保险费的，社会保险费征收机构可以向银行和其他金融机构查询其存款账户；并可以申请县级以上有关行政部门作出划拨社会保险费的决定，书面通知其开户银行或者其他金融机构划拨社会保险费。用人单位账户余额少于应当缴纳的社会保险费的，社会保险费征收机构可以要求该用人单位提供担保，签订延期缴费协议。用人单位未足额缴纳社会保险费且未提供担保的，社会保险费征收机构可以申请人民法院扣押、查封、拍卖其价值相当于应当缴纳社会保险费的财产，以拍卖所得抵缴社会保险费。

2. 部分地区的特殊政策 ：有的地区允许灵活就业人员在当年补缴之前断缴的月份，但不可以跨年补缴费用。例如，哈尔滨明确指出2024年养老保险费用不可以跨年补缴。

综上所述，灵活就业社保在断缴三个月的情况下是可以补缴的，但具体补缴政策和条件可能因地区而异。建议您咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的补缴流程和所需材料。