灵活就业人员与在职人员在医保方面的主要区别体现在以下几个方面：
- 缴费险种 ：
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在职人员 ：需要参加城镇职工养老保险、城镇职工医疗保险（含生育保险）、城镇职工失业保险和城镇职工工伤保险。
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灵活就业人员 ：只能参加城镇职工养老保险和城镇职工医疗保险，不能参加生育保险和工伤保险，少数省市可以参加失业保险。
- 缴费比例 ：
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城镇职工养老保险 ：在职职工缴费比例为8%，灵活就业人员缴费比例为20%，同样缴费基数下，灵活就业人员个人缴纳部分较少，进入个人账户的比例也较低。
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城镇职工医疗保险 ：在职人员缴费比例为2%，灵活就业人员缴费比例因地区而异，一般为5.6%-11%，缴费基数相同的情况下，灵活就业人员月扣费较高。
- 个人账户 ：
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在职人员 ：个人缴费部分全部返还至个人账户，可用于药店买药、医院就医等。
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灵活就业人员 ：一般不设个人账户，所缴费用进入统筹基金账户，不能像在职人员一样使用个人账户资金。
- 生育待遇 ：
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在职人员 ：有生育保险，可以享受生育津贴、产假及生育费用报销。
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灵活就业人员 ：不能参加生育保险，因此无法享受生育津贴和生育费用报销，但少数省份的灵活就业人员可能通过丈夫生育保险获得一次性生育补助。
- 缴费年限 ：
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在职人员 ：达到法定退休年龄且累计缴费年限满足要求后，可享受退休人员医保待遇，无需再缴纳费用。
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灵活就业人员 ：达到退休年龄且累计缴费年限满足要求后，同样可享受退休人员医保待遇，但需要确保缴费年限达标，不达标则需一次性补缴。
- 就医待遇 ：
- 在职人员与灵活就业人员 ：在住院报销比例和缴费年限计算等方面没有区别，但灵活就业人员不能享受生育保险待遇。
综上所述，灵活就业人员与在职人员在医保方面的主要区别在于缴费险种、缴费比例、个人账户、生育待遇及缴费年限等方面。灵活就业人员需要个人全额承担社保费用，且部分待遇（如生育保险）无法享受，但在缴费基数和比例上有一定的灵活性。建议灵活就业人员在选择医保时，充分了解当地政策，确保自己的保障权益。
