新农合（新型农村合作医疗制度）的报销流程如下：

1. 直接结算 ：新农合患者在出院时，可以直接在医院的新农合结算窗口进行结算。医院会根据新农合的报销方案，对患者的医疗费用进行核算，并扣除可报销的部分。患者只需支付个人自付的费用，这部分费用通常包括起付线以下的费用、超出报销比例的费用以及不在报销范围内的费用。

2. 时间限制 ：新农合报销的时间限制为出院后的三个月内，逾期则可能无法享受报销待遇。

3. 异地报销 ：对于在市外二级及二级以上公立医院就诊的患者，需要在出院后的规定时间内（一般为3个月内，具体时间可能因地区而异），携带就医资料以及身份证、户口簿等相关证件，前往区服务中心或新农合管理部门进行报销。审核通过后，报销费用将打入患者指定的银行账户或通过现金方式发放。

4. 二次报销 ：医疗保险是有二次报销的，可以在医院或当地社保局进行报销。因大病在当地的二甲医院或者定点医院就医的新农合参保人员，可以直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金，出院时自动依据新农合大病保险比例来报销，不需要额外办理报销手续。

综上所述，新农合患者在出院时 可以直接进行报销 ，报销过程相对简便，患者只需支付个人自付部分，并注意及时办理报销手续以避免错过报销时间。对于异地就医的患者，也有相应的报销流程和规定。