北京大学口腔医院和首都医科大学附属北京口腔医院的对比如下：
历史背景：
北京大学口腔医院：始建于1941年，其前身是国立北京大学医学院附属医院的齿科诊疗室。
首都医科大学附属北京口腔医院：创建于1945年，原址在王府井锡拉胡同，当时称为“北平市立牙科医院”。
规模：
北京大学口腔医院：是中国规模最大的口腔专科医院之一。
首都医科大学附属北京口腔医院：分为主院区、王府井院区、大兴西红门部和房山拱辰部，其中主院区占地6万平方米，总建筑面积133580平方米，设有20个临床科室和5个医技科室，病床编制130张.
科室设置：
北京大学口腔医院：设有牙体牙髓科、牙周科、口腔黏膜科、儿童口腔科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔种植科、口腔麻醉科、口腔颌面医学影像科、口腔预防科和口腔病理科等多个科室.
首都医科大学附属北京口腔医院：设有牙体牙髓病专业、牙周病专业、口腔粘膜病专业、儿童口腔专业、口腔颌面外科专业、口腔修复专业、口腔正畸专业、口腔种植专业、口腔麻醉专业、口腔颌面医学影像专业、口腔病理专业、预防口腔专业等科室.
医疗团队：
北京大学口腔医院：拥有众多国家级和北京市级的专家，师资力量雄厚。
首都医科大学附属北京口腔医院：拥有卫生技术人员1000余人，聘任高级专业技术职务180余人，中级200余人，拥有博士生导师22人，硕士生导师59人，一批高水平的优秀人才。
科研与教学：
北京大学口腔医院：拥有27个科室，每个科室都有丰富的教学经验和先进的教学设备，承担着北京大学口腔医学专业本科、硕士、博士研究生等多层次人才培养任务，科研实力雄厚，承担多项国家级、省部级课题，取得了一系列科研成果。
首都医科大学附属北京口腔医院：口腔医学院承担着口腔医学专业本科、长学制、硕士研究生、博士研究生、博士后及口腔医学技术专业等多层次口腔医学人才培养任务，承担多项国家级、省部级课题，获得国家科技进步二等奖2项，北京市科学技术奖一等奖1项，中华医学科技奖三等奖2项。
总体来看，北京大学口腔医院和首都医科大学附属北京口腔医院都是国内顶尖的口腔专科医院，在医疗、教学、科研等方面都有很高的水平。患者可根据个人需求及实际情况选择适合的医院就诊。
