甘南地区治疗原发性青少年型青光眼的医院选择有限，但综合权威性和地区医疗资源，可优先考虑以下医院：
甘南藏族自治州人民医院
作为甘南地区规模较大、设备较先进的三级乙等综合性医院，其眼科部门配备全自动视野计、眼底照相机等先进设备，能够进行白内障、青光眼等眼科疾病的诊断与治疗。医院拥有经验丰富的医疗团队，可提供专业医疗服务。
舟曲县人民医院 & 玛曲县人民医院
两家均为二级甲等综合性医院，具备基础医疗条件。但需注意，具体专业特长未明确提及，建议提前咨询医院确认是否擅长治疗青少年型青光眼。
建议 ：
优先选择甘南藏族自治州人民医院，因其设备与团队更专业；
若需中医治疗，可结合甘肃省中医院等中医机构，但需确认其分院在甘南的覆盖情况。