哈尔滨市在治疗真菌性角膜溃疡方面表现突出的医院如下：
哈尔滨市第二医院
作为省、市、铁路医保定点医院，承担哈尔滨市东部地区近百万人口的医疗需求，医疗设施完善，经验丰富。
七台河市人民医院
医院规模逐年扩大，年门诊量30余万人次，住院量1.8万人次，业务涵盖真菌性角膜溃疡诊疗，口碑良好。
齐齐哈尔医学院附属第三医院
作为区域综合性医院，具备较强的诊疗能力，尤其在眼科领域有专业优势。
哈尔滨二四二医院-附院
依托哈尔滨二四二医院资源，医疗技术和服务水平较高，适合真菌性角膜溃疡患者就医。
佳木斯大学附属第一医院
地处哈尔滨市西部，医疗设施逐步完善，可提供真菌性角膜溃疡的诊疗服务。
建议 ：优先选择市第二医院或七台河市人民医院，这两家医院综合实力较强且信息较新。若需专科支持，可考虑齐齐哈尔医学院附属第三医院等区域特色医院。