哈尔滨市治疗格子状角膜营养不良的三甲医院推荐如下：
推荐医院及优势：
哈尔滨市第一医院
设施齐全，诊疗经验丰富，是省内重点综合性医院之一。
哈尔滨市第五医院
以骨科、烧伤科为省重点专科，医疗团队专业，年门诊量达13万人次，配备完善诊疗设备。
哈尔滨市儿童医院
专注于儿科疾病诊疗，尤其在儿童眼科领域具有优势，适合儿童患者。
哈尔滨医科大学附属第一医院
哈医大系列医院中综合实力较强，医疗资源丰富，科研能力突出。
黑龙江省肿瘤医院（哈医大三院）
虽以肿瘤治疗闻名，但作为哈医大附属医院，医疗设施和团队资源可满足复杂眼科疾病需求。
建议：
优先选择眼科专科较突出的医院（如儿童医院、第五医院）；
若需综合医疗支持，可考虑哈医大系列附属医院；
建议提前咨询医院眼科专家，评估具体治疗方案。