合作医疗跨省就医的结算流程如下：

1. 提前备案 ：参保人员需要提前进行异地就医备案。长期异地工作或居住人员可以通过线下方式备案，或者使用医保相关应用程序进行线上备案。

2. 选择定点医院 ：参保人员需要在就医地选择已经开通跨省异地就医直接结算功能的定点医院进行就医。

3. 直接结算 ：在备案完成后，参保人员可以直接在就医地刷医保卡进行结算，医疗费用将直接由基本医疗保险基金支付。如果就医地实现了医保联网结算，患者无需垫付医疗费用，也无需回参保地报销。

4. 特殊情况处理 ：对于不能在就医地直接结算的情况，参保人员需要开具《跨省就医转诊患者出院未享受即时结报服务说明》，并回到参保地报销。报销比例和内容根据各省份的规定可能有所不同，需要按照参保地的具体政策执行。

5. 携带必要材料 ：就医结束后，参保人员需要携带出院小结、发票、用药明细表等相关票据，到参保地医保中心办理报销手续。如果已经实现了医保联网结算，则可以直接在就医地刷医保卡结算医疗费用。

6. 注意个人自付比例 ：根据《社会保险法》的规定，参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。但在异地就医时，个人通常需要先负担一定比例的费用，剩余部分再按照参保地的报销政策进行结算。例如，一些地区规定个人首先负担10%的费用，剩余部分按照参保地三级医院的报销政策审核结算。

综上所述，合作医疗跨省就医的结算流程相对简便，但需要提前进行备案并选择合适的定点医院。在符合条件的情况下，参保人员可以实现医疗费用的直接结算，否则需要按照相关规定回到参保地办理报销手续。