新疆医疗保险的报销比例如下：
- 普通门诊 ：
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在职职工：一级、二级、三级医疗机构的统筹基金支付比例分别为75%、65%、55%，退休人员支付比例分别再提高5个百分点，即80%、70%、60%。
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退休人员：普通门诊一、二、三级医疗机构的统筹基金支付比例分别为85%、75%、65%。
- 住院报销 ：
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在职职工：
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三级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为85%；3万元以上至4万元的费用，支付比例为90%；超过4万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为95%。
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二级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为80%；3万元以上至4万元的费用，支付比例为85%；超过4万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为90%。
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一级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为85%；超过3万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为90%。
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退休人员：
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三级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为90%；3万元以上至4万元的费用，支付比例为95%；超过4万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为100%。
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二级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为85%；3万元以上至4万元的费用，支付比例为90%；超过4万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为95%。
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一级医院：起付标准以上至3万元的费用，支付比例为90%；超过3万元至最高支付限额部分的费用，支付比例为95%。
- 特殊病种 ：
- 特殊病种门诊免报额度为400元，符合规定治疗范围的医疗费用报销比例与普通住院待遇相同。
这些报销比例和限额可能会根据政策调整而有所变化，建议在实际操作中参考最新的政策文件。