病假超过三个月是否可以辞退，需要分情况讨论，以下是具体分析：
医疗期内辞退
根据我国相关法律规定，员工因患病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。医疗期的长短是根据员工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定的。例如，实际工作年限十年以下的员工，在本单位工作年限五年以下的医疗期为三个月；五年以上的为六个月。实际工作年限十年以上的员工，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
所以，如果员工病假超过三个月，但仍在法定的医疗期内，用人单位此时辞退员工是不合法的。
医疗期满后辞退
符合法定条件可辞退 ：当员工的医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，并且需要支付经济补偿。
不符合条件不可辞退 ：如果员工医疗期满后，能够继续从事原工作或者用人单位另行安排的工作，则用人单位不能辞退该员工。
特殊情况
如果员工在病假期间存在严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等法定情形，即便其病假超过三个月且仍在医疗期内，公司也可以依法解除劳动合同，但公司需对相关情形承担举证责任。
对于一些特殊岗位的员工，如从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的等，即使其病假超过三个月，用人单位也不得辞退。