跨县农村合作医疗的报销比例根据就诊机构的不同而有所差异。具体报销比例如下：
- 门诊补偿 ：
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村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%。
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镇卫生院就诊报销40%。
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二级医院就诊报销30%。
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三级医院就诊报销20%。
- 住院补偿 ：
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乡镇卫生院住院报销比例为60%。
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县级（二级）定点医疗机构住院报销比例为70%。
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市级（三级）定点医疗机构住院报销比例为55%。
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省级（三级）定点医疗机构住院报销比例为50%。
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省外非定点医院住院报销比例为45%。
- 大病补偿 ：
- 对于参加新农合的住院病人，若一次性或全年累计的医疗费用超过5000元，将分段进行赔偿。具体而言，5001元至1万元的部分可补偿65%，10001元至1.8万元的部分可补偿70%。
建议：
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门诊补偿 ：尽量选择村卫生室及村中心卫生室就诊，以获得更高的报销比例。
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住院补偿 ：根据病情选择合适的医院等级进行住院，县级及以上医院的报销比例较高。
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大病补偿 ：注意累计医疗费用，确保符合大病补偿的条件，以获得更高的补偿金额。
请注意，以上报销比例和限额仅供参考，具体报销比例需遵循当地规定。建议提前咨询当地医保部门，了解最新的报销政策和细则。