合作医疗与职工医保的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖对象不同 ：
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职工医疗保险是城镇所有用人单位，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工都要参加。
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新农合（新型农村合作医疗）必须有农村户口才可以办理。
- 缴费主体不同 ：
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职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
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新农合是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费方式不同 ：
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职工医疗保险是按月缴纳，个人和用人单位共同承担。
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新农合是每年缴纳一次，个人缴纳加上政府补贴。
- 保险期限和报销比例不同 ：
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职工医疗保险累计交满25年可以享受终身医保待遇，报销比例高达95%。
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新农合的保险期限是一年，报销比例约为75%，且很多地方一年上限在20万左右。
- 报销范围和就医方便性不同 ：
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职工医疗保险覆盖范围广，包括基本医疗、住院、门诊等费用，且可以报销一些特殊治疗方法和进口药。
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新农合主要报销住院医疗费，门诊和特殊治疗方法报销比例较低。
- 管理机构和服务网络不同 ：
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职工医疗保险一般由社会保险行政部门管理，拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院。
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新农合可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理，侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室。
综上所述，职工医疗保险和新农合在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、保险期限和报销比例、报销范围以及管理机构和服务网络等方面存在显著差异。职工医疗保险更适合城镇职工和退休人员，提供全面的医疗保障；而新农合则为农村居民提供基本医疗保障，强调互助共济。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险制度。