新农合（新型农村合作医疗）与城乡居民医疗保险的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象与范围 ：
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新农合主要针对农村户口的居民，且多数地方要求以家庭为单位整户参保。
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城乡居民医保则覆盖了更广泛的范围，包括城镇和农村户口的居民，是整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度。
- 报销比例与范围 ：
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新农合的报销比例在10%-80%不等，可报销的药品目录相对较少，且在市级及以上医院的平均报销比例低于城乡居民医疗保险。在乡镇卫生院就医时，新农合报销比例较高，起付线较低。
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城乡居民医保的报销比例通常为85%（根据不同等级医院而定），报销药品范围更广，且能够为参保居民提供更为充分的医疗保障。
- 保障内容与侧重点 ：
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新农合主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
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城乡居民医保则主要保住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 统筹层次与管理 ：
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新农合的统筹层次较低，通常属于县级统筹，如果需要到更大的医院就医，需要逐级转诊。
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城乡居民医保的统筹层次较高，属于地市级统筹，在一个地市级的范围之内，可以在全市范围选择定点的医疗机构看病住院。
- 筹资方式 ：
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新农合的筹资主要来源于政府补贴和个人缴费，政府补贴主要来自中央和地方政府的财政拨款，个人缴费则由参保农民按年度缴纳。
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城乡居民医保的筹资也主要由政府补贴和个人缴费组成，政府补贴同样来自中央和地方政府的财政拨款，个人缴费则由参保居民按年度缴纳。
- 异地报销问题 ：
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新农合在异地报销方面相对复杂，未经过参保地医院转诊转院，直接跨地区就医的话，医保报销比例大概砍掉20%。
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城乡居民医疗保险在异地报销方面相对简化，只要符合相关规定，报销比例较为稳定。
综上所述，新农合和城乡居民医保在参保对象、报销比例与范围、保障内容与侧重点、统筹层次与管理、筹资方式以及异地报销问题等方面均存在显著差异。建议根据个人户籍和实际需求选择合适的医疗保险制度。
