农村合作医疗的二次报销流程如下：

1. 准备材料 ：

• 新农合补偿结算单

• 居民身份证或户口簿原件及复印件

• 新农合参合证原件及复印件

• 医疗机构费用发票原件及复印件

• 费用清单、出院结算单原件及复印件

• 如患有特殊慢性病，需提供慢病证或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明及门诊病历

• 患者本人或者与患者有关系证明的关系人银行汇款账号

2. 提交申请 ：

• 患者或家属需要收集上述所需材料，并确保所有资料真实有效，加盖医疗机构公章。

• 根据当地新农合管理机构的要求，填写大病二次报销申请表。表格中需详细填写个人信息、疾病诊断、医疗费用明细等内容。

• 将收集好的资料和填写完整的申请表提交至当地新农合管理机构。部分地区的申请可通过线上平台提交，需提前了解并注册相关账号

3. 审核与公示 ：

• 新农合管理机构对提交的资料进行审核，核实医疗费用的真实性和合理性。

• 审核通过后，报销款项将直接打入指定的银行账户

4. 特殊情况处理 ：

• 在二甲医院或定点医院就医的新农合参保人员，可以直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金，出院时自动依据新农合大病保险比例来报销，无需额外办理报销手续

• 如果是在其他医院就医，需要携带诊断证明、身份证、参合证原件等材料到新农合结算科进行审核，符合条件者则可拿到新农合补偿款

建议：

• 确保所有提交的材料真实有效，避免因材料问题影响报销进度。

• 提前了解并注册线上提交账号，以便更快地提交申请。

• 如果有条件，可以咨询当地医疗部门，了解具体的报销政策和流程，确保报销过程顺利。