城镇新农合（新型农村合作医疗）和农村新农合（新型农村合作医疗）的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
-
农村新农合 ：主要针对农村户口的居民，多数地方要求以家庭为单位整户参保。
-
城镇新农合 ：主要针对没有参加城镇职工医疗保险的城镇居民。
- 报销比例 ：
-
农村新农合 ：在三甲医院的报销比例较低，通常只有30%，但在乡镇卫生院的报销比例较高，起付线较低。
-
城镇新农合 ：报销比例通常为50%左右，通过逐级转院的报销比例可达70%。
- 政府补助资金 ：
-
农村新农合 ：政府补助普遍高于城镇居民医保，每人每年补助资金平均在400到500元左右。
-
城镇新农合 ：政府补助金额相对较少。
- 参保方式 ：
-
农村新农合 ：在农村实行按户缴纳的方式。
-
城镇新农合 ：实行按人来缴纳。
- 保障待遇 ：
-
农村新农合 ：主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
-
城镇新农合 ：主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 管理政策 ：
-
农村新农合 ：由于以前是新农合和城镇居民医保，是两套系统运行，两个机构来管理，政策不统一。
-
城镇新农合 ：整合后实行一样的参保政策、报销待遇和报销流程，建立了“六个统一”的管理体制。
- 医保目录 ：
-
农村新农合 ：可报销的药品目录相对较少。
-
城镇新农合 ：报销药品范围更广，种类更齐全，结构更合理。
- 基金管理 ：
-
农村新农合 ：基金收支不够平衡，支付保障相对较弱。
-
城镇新农合 ：基金收支更加平衡，支付更有保障。
综上所述，城镇新农合和农村新农合在参保对象、报销比例、政府补助、参保方式、保障待遇、管理政策、医保目录和基金管理等方面均存在显著差异。整合后，城乡居民医保实现了统一的参保政策、报销待遇和报销流程，使得城乡居民在医疗保障方面更加公平和便捷。