农村合作医疗和居民医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象与范围 ：
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农村合作医疗 （新农合）主要针对具有农村户籍的居民，通常要求以家庭为单位整户参保。
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居民医保 则覆盖了更广泛的范围，包括城镇和农村户口的居民，是整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度。
- 报销比例与范围 ：
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新农合 的报销比例在10%-80%不等，可报销的药品目录相对较少，且在市级及以上医院的平均报销比例低于居民医保。在乡镇卫生院就医时，新农合报销比例较高，起付线较低。
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居民医保 的报销比例通常为85%（根据不同等级医院而定），报销药品范围更广，且能够为参保居民提供更为充分的医疗保障。
- 保障内容与侧重点 ：
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新农合 主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
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居民医保 则主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 管理部门 ：
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新农合 在多数地方由卫生部门进行管理。
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居民医保 主要由人力资源和社会保障部门负责管理和运作。
- 缴费标准 ：
- 新农合 和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩。
- 政府补助 ：
- 新农合 的政府补助普遍高于城镇居民医保。新农合政府每年每人补助资金平均在400到500元左右。
综上所述，新农合和居民医保在参保对象、报销比例与范围、保障内容与侧重点、管理部门、缴费标准以及政府补助等方面均存在显著差异。建议根据个人户籍和实际需求选择合适的医疗保险制度。