新农合停止参保后没有退费的原因主要有以下几点：

1. 政策不允许退还 ：新农合的费用一旦缴纳，原则上是不允许退还的。无论是刚上交的费用还是重复缴费的费用，都不能申请退还。用户只能选择中断不再缴纳新农合。

2. 时效性问题 ：新农合实行交一年享受一年的政策，如果当年没有按时缴纳，那么生病住院时也不会享受住院报销待遇。这意味着即使之前缴纳了费用，但因为时效性已过，保障期已经结束，所以不能退还。

3. 系统扣费异常 ：如果系统出现故障导致多次扣费，或者因为网络信号问题导致重复缴费，这些情况可以申请退还多余的费用。需要保留好缴费凭证和相关资料，去当地医保经办机构或村委会申请。

4. 重复参保 ：在本地和外地重复参加居民医保的情况，也可以申请退还重复缴纳的费用。

5. 特殊群体退费 ：对于五保户和低保户等享受免缴政策的特殊群体，如果误缴了费用，也可以申请退还。

6. 政策调整和财政压力 ：新农合医保终止缴费的背后是政策调整和财政压力的结果。政府面临着巨大的财政压力，因此调整医保制度成为必然选择，这也导致了新农合医保的终止缴费。

7. 农民认知不足 ：有些农民并不清楚自己是否享受免缴政策的资格，或者对政策了解不够透彻，结果还是把费用交上去了。这种情况也可以申请退费。

综上所述，新农合停止参保后没有退费的原因主要是政策不允许退还、时效性问题、系统扣费异常、重复参保、特殊群体退费以及政策调整和财政压力等原因。建议符合条件的农民及时咨询当地医保部门或相关部门，了解具体的退费政策和流程。