合作医疗和职工社保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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合作医疗 ：主要面向农民，只有农村户口才能参加，且必须以家庭为单位整户参加。
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职工社保 ：为在职职工提供保障，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工。
- 缴纳方式 ：
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合作医疗 ：农民自愿参加，一年一交费，一年一参合。
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职工社保 ：由用人单位和职工共同缴纳，是强制性的。
- 保障期限 ：
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合作医疗 ：交一年保一年，不保证终身保障。
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职工社保 ：医疗保险要求持续缴纳最少20年可以享受终身医保待遇。
- 报销比例 ：
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合作医疗 ：报销比例较低，且一般只能针对医疗保险进行报销。
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职工社保 ：报销比例较高，且在定点医院看病报销比例最高。
- 缴费标准 ：
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合作医疗 ：一年缴费金额较低，大约在一两百元左右。
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职工社保 ：缴费金额较高，最低缴费一年要上千元。
- 保障内容 ：
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合作医疗 ：主要提供基础医疗保障，包括门诊报销、住院补偿以及大病保险。
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职工社保 ：提供养老、医疗、生育、失业、工伤五个方面的保障。
综上所述，合作医疗和职工社保在参保对象、缴纳方式、保障期限、报销比例、缴费标准和保障内容等方面均有显著区别。建议根据个人身份和需求选择合适的医疗保障制度。