公司医疗保险和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 适用范围 ：
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公司医疗保险 （职工基本医疗保险）适用于参加工作的劳动者，由用人单位和个人共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 （新型农村合作医疗保险）适用于农村人员，未参加工作的农村户口人员可以参加，政府组织、农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费主体 ：
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公司医疗保险 由用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 由个人、集体和政府出资，农民自愿参加，每年需要办理参保和缴费手续。
- 支付方式 ：
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公司医疗保险 需要缴纳一定年限（一般为连续六个月），用户方可享受报销待遇。
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农村合作医疗 是农民自愿参加的，每年都需要办理参保和缴费手续，没有连续缴费年限的要求。
- 报销比例 ：
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公司医疗保险 的报销比例较高，特别是在定点医院就医时，报销率最高可达80%甚至90%以上，且报销限额较高，一般可达几十万甚至更高。
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农村合作医疗 的报销比例相对较低，特别是在市级以上医院就医时，报销比例会降低，一般在50%到70%之间，且报销限额较低，一般为十几万元。
- 报销范围 ：
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公司医疗保险 覆盖的范围较广，包括特殊治疗方法、进口药和高档医疗服务。
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农村合作医疗 的报销范围相对较窄，一些特殊药物和治疗可能不在报销清单内。
- 就医方便性 ：
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公司医疗保险 在定点医院就医较为方便，报销比例高。
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农村合作医疗 在农村乡镇医院报销比例较高，但在市级以上医院报销比例较低，就医方便性相对较差。
综上所述，公司医疗保险和农村医疗保险在适用范围、缴费主体、支付方式、报销比例、报销范围和就医方便性等方面存在显著差异。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险类型，以获得更好的医疗保障。