基本医疗保险和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：参保人员是各个单位的职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体等机构的职工。
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城乡居民基本医疗保险 ：由无工作的城乡居民参保，包括农民、城镇居民等。
- 缴费方式 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：费用从职工工资中扣除，由职工和单位共同承担。
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城乡居民基本医疗保险 ：由参保居民个人缴费，政府给予一定的补助。
- 缴费构成主体 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：由职工工资和单位共同承担。
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城乡居民基本医疗保险 ：保费由参保人员个人和政府补助组成。
- 待遇水平 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：参保人员可以享受住院医疗、大病补助以及特殊病种医疗费用的待遇，报销比例较高，通常在80%以上。
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城乡居民基本医疗保险 ：报销比例相对较低，一般在70%左右，且住院医疗费用需要先由患者自付一部分，再按照比例报销。
- 管理方式 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：属于社保系统管理。
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城乡居民基本医疗保险 ：由卫生局业务管理。
- 使用便捷性 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：参保人员可以在各个区域的医保部门随时报销，如果跨区域看病，需先到医保部门备案，自费后再报销。
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城乡居民基本医疗保险 ：参合农民的个人账户资金可以在自己县区的基层医疗机构使用，但无法像医保卡一样随时刷卡。
综上所述，基本医疗保险和农村合作医疗在覆盖对象、缴费方式、缴费构成主体、待遇水平、管理方式以及使用便捷性等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险类型，以获得更好的医疗保障。