医保和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 适用范围 ：
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医保 ：适用于城镇职工和城乡居民。
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农村合作医疗 （新农合）：主要适用于农村居民。
- 缴费方式 ：
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医保 ：缴费由职工和用人单位共同缴纳，城乡居民可以单独缴纳或政府给予补贴。
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新农合 ：缴费主要由农村居民个人缴纳，政府也会给予一定程度的补贴。
- 报销比例 ：
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医保 ：报销比例较高，一般可以报销60%以上的医疗费用。
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新农合 ：报销比例相对较低，一般只能报销50%左右的医疗费用。
- 报销范围 ：
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医保 ：报销范围相对较广，可以报销的医疗费用种类较多，包括门诊和住院的医疗费用、药品费用、医疗器械费用等。
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新农合 ：报销范围相对较窄，只能报销一些基本的医疗费用。
- 有无个人医保账户 ：
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医保 ：有个人医保账户，个人缴费部分存入，可用于买药等。
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新农合 ：一般没有个人医保账户。
- 缴费年限 ：
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医保 ：累计缴费满一定年限后，退休后免缴享终身医保待遇。
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新农合 ：交一年保一年，没有退休政策，终生需要缴费。
- 覆盖人群 ：
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医保 ：覆盖城镇职工、灵活就业人员以及非农村户籍的城镇居民、学生等。
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新农合 ：专门针对农村居民，必须以家庭为单位整户参加。
- 其他 ：
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医保 ：报销渠道一般在居民所在的社区医保部门。
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新农合 ：报销在乡镇所在的农合办理。
总结：
医保和新农合在适用范围、缴费方式、报销比例、报销范围、个人医保账户、缴费年限、覆盖人群等方面存在明显差异。医保适用于城镇各类人群，报销比例和范围较高；而新农合主要针对农村居民，报销比例和范围较低，且需要终身缴费。建议根据自身情况选择合适的医疗保险制度，以获得更好的医疗保障。