合作医疗（新农合）和单位医保（职工医保）之间存在以下主要区别：
- 缴费标准 ：
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新农合 ：主要面向农村居民，由个人缴纳和政府补贴组成，每年费用相对固定。
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职工医保 ：按月缴纳，费用由个人和用人单位共同承担，个人缴费比例通常为2%，用人单位缴费比例通常为8%至10%。
- 报销范围 ：
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新农合 ：主要报销住院医疗费用，部分城市也涵盖门诊和购药费用。
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职工医保 ：包括门诊、住院费用以及购药费用。
- 参保范围 ：
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新农合 ：仅限农村户口的居民参加。
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职工医保 ：不限户口，面向包括城镇在内的所有居民。
- 报销比例和起付线 ：
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新农合 ：报销比例一般在50%至70%之间，异地报销比例可能更低，起付线通常为自费超过300元。
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职工医保 ：报销比例一般在70%至90%之间，起付线通常更高。
- 参保年限 ：
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新农合 ：需要每年缴费，交一年保一年。
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职工医保 ：在满足一定条件（如交满20/25年）后，可以免费享受医保待遇。
- 保险期限 ：
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新农合 ：保险期限为一年，断了就没有了。
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职工医保 ：累计交满25年可以享受终身医保待遇。
- 覆盖对象 ：
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新农合 ：覆盖对象是农民，且必须以家庭为单位整户参加。
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职工医保 ：覆盖对象是用人单位在职职工以及个体经营业主。
- 缴费方式 ：
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新农合 ：农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
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职工医保 ：用人单位和职工共同缴纳，费用通过工资直接扣除。
综上所述，合作医疗与职工医保在缴费标准、报销范围、参保对象、报销比例、参保年限、保险期限、覆盖对象和缴费方式等方面存在显著差异。这些差异体现了两种医保制度服务的目标人群和保障水平的不同。