合作医疗保险和城乡居民医疗保险的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖范围 ：
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合作医疗保险 ：通常指的是新型农村合作医疗（新农合），主要覆盖农村居民，不包括城镇居民。
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城乡居民医疗保险 ：整合了新农合和城镇居民医疗保险，覆盖所有城乡居民，包括农村居民和城镇居民。
- 参保对象 ：
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合作医疗保险 ：仅针对农村居民，不包括城镇居民。
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城乡居民医疗保险 ：所有城乡居民都可以参加，包括农村居民和城镇居民。
- 统筹层次 ：
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合作医疗保险 ：通常为县级统筹，只能在县内住院就医，到更高一级医疗机构需要逐级转诊。
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城乡居民医疗保险 ：为地市级统筹，在一个地级市范围内可以选择定点的医疗机构住院看病。
- 报销比例 ：
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合作医疗保险 ：由于参保人数和缴费标准的限制，医疗统筹基金较少，报销比例较低，在三甲医院的报销比例普遍只有30%左右。
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城乡居民医疗保险 ：由于医疗统筹基金在一个地市的范围内统一收缴和使用，报销比例较高，普遍可以达到50%左右，今后逐渐可以达到70%左右。
- 管理部门 ：
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合作医疗保险 ：多数地方由卫生部门管理。
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城乡居民医疗保险 ：主要由人社部门管理。
- 购买方式 ：
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合作医疗保险 ：由农村户口的居民购买。
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城乡居民医疗保险 ：由无工作的城乡居民个人缴费购买。
- 保障待遇 ：
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合作医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，但总体保障待遇相对较低。
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城乡居民医疗保险 ：保障待遇较为全面，包括住院、门诊大病和普通门诊，且住院及门诊大病待遇通常高于新农合。
综上所述，合作医疗保险和城乡居民医疗保险在覆盖范围、参保对象、统筹层次、报销比例、管理部门、购买方式以及保障待遇等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险类型，以获得更全面和有效的医疗保障。