人力资源和社会保障局
农村合作医疗(简称“新农合”)的管理部门主要是 人力资源和社会保障局 。具体来说,新农合的管理和经办工作由人力资源和社会保障局下属的“医保局”或“医保科”负责,有些省份则设有专门的新农合科进行管理。此外,根据国务院的机构改革方案,国家卫生和计划生育委员会的新型农村合作医疗职责已经整合至国家医疗保障局,因此新农合的管理也归国家医疗保障局负责。
综上所述,农村合作医疗的管理主要归人力资源和社会保障局及其下属的医保局或医保科,部分省份则由新农合科管理,而国家医疗保障局则负责全国范围内的新农合管理工作。