城镇合作医疗和农村合作医疗的主要区别在于：
- 参保对象 ：
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城镇合作医疗 ：主要针对城镇户口的居民，包括没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民。
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农村合作医疗 ：主要针对农村户口的居民，农民自愿参加，以家庭为单位。
- 缴费标准 ：
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城镇合作医疗 ：每个月都可以缴费，缴费标准较高，报销比例也较高，最高可达70%。
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农村合作医疗 ：每年缴纳一次，缴费标准较低，最高报销比例为30%。
- 报销比例 ：
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城镇合作医疗 ：报销比例较高，一般在70%以上，且外地就医时也有较高的报销比例。
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农村合作医疗 ：报销比例较低，根据不同等级的医院，报销比例在10%-80%不等，且外地就医的报销比例相对较低。
- 管理部门 ：
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城镇合作医疗 ：主要由人社部门管理。
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇 ：
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城镇合作医疗 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，住院及门诊大病待遇较高。
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农村合作医疗 ：门诊待遇水平较高，但住院及门诊大病待遇相对较低。
- 医药目录 ：
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城镇合作医疗 ：可报销的医药目录较广，药品范围较全。
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农村合作医疗 ：可报销的医药目录较窄，药品范围较少，尤其在市级医院报销比例较低。
综上所述，城镇合作医疗和农村合作医疗在参保对象、缴费标准、报销比例、管理部门、保障待遇和医药目录等方面存在明显差异。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险制度。
