自己交医疗保险和合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 性质和覆盖范围 ：
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医疗保险 ：通常指基本医保，包括职工医保、城乡居民医保、灵活就业医保等，属于社保范畴，具有一定的公益性。医疗保险的覆盖范围较广，包括门诊费用、住院费用、大病费用等，旨在为所有参保人员提供基本的医疗保障。
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合作医疗 ：也称为商业医疗保险，是由保险公司出售的保险产品，具有一定的盈利性。合作医疗的覆盖范围相对较窄，主要针对特定人群，如农民，且通常需要以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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医疗保险 ：保费通常由用人单位和员工共同承担，或者由员工个人全额承担。例如，职工医保的保费由用人单位和职工各自承担一部分，而居民医保则需要个人全额缴纳。
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合作医疗 ：保费一般由参保人自己承担，政府可能会提供一定的补贴。例如，新型农村合作医疗的保费由农民个人每年缴纳，同时政府也会提供一定的资助。
- 报销比例和待遇 ：
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医疗保险 ：报销比例和额度相对较高，且通常可以跨地区使用。例如，职工医保的报销比例和额度通常高于居民医保，且累计交满一定年限后，退休后可以免费享受医保待遇。
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合作医疗 ：报销比例和额度相对较低，且通常只能在参保地的基层医疗机构使用。例如，新型农村合作医疗的报销比例较低，且药品目录有限，一些特殊的药品和治疗手段可能无法报销。
- 管理和系统 ：
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医疗保险 ：由社保系统管理，具有较高的系统性和规范性。例如，城镇职工基本医疗保险由社保系统管理，筹资水平和报销比例较为统一。
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合作医疗 ：由卫生局或保险公司管理，系统性和规范性相对较低。例如，新型农村合作医疗由卫生局管理，筹资水平和报销比例因地区而异。
综上所述，自己交医疗保险和合作医疗在性质、覆盖范围、缴费方式、报销比例和管理系统等方面存在明显差异。建议根据自身需求和实际情况选择合适的医疗保险类型，以确保获得充分的医疗保障。