医保和合作医疗确实不一样，它们有以下主要区别：
- 覆盖对象不同 ：
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合作医疗 ：只有农民才可以参加，必须以家庭为单位整户参加。这是为了解决农民因病致贫、因病返贫的问题，保障农民的基本卫生服务。
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医保 ：包括城镇所有用人单位及其职工，如国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等，还包括机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。此外，乡镇企业及其职工、城镇个人经济组织业主及其从业人员也需要办理职工医保，具体由当地政府机构决定。
- 缴费主体不同 ：
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合作医疗 ：缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障保险。
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医保 ：缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障保险。
- 缴费方式不同 ：
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合作医疗 ：农民自愿参加，没有强制性，需要这份保险保障就参加，不需要即可不参加。参加必须以家庭为单位整户参加，且每年都要办理参保缴费手续。
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医保 ：对于用人单位来说，具有强制性，必须为员工办理职工医保，且缴纳达到一定年限。第一次参保后，以后的费用会通过工资直接扣除，由单位和个人共同承担。
- 报销比例和方式不同 ：
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合作医疗 ：参保者没有个人账户，报销比例相对较低，限额较低，且是一年一参合，当年享受报销。
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医保 ：参保者拥有个人账户，定期会有费用划入，报销比例较高，有起付标准，但报销最高限额较高，且医疗费不封顶。
- 系统管理不同 ：
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合作医疗 ：由卫生局管理，适用于市辖区内的农村居民，不可以异地交付。
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医保 ：由社保系统管理，适用于城镇职工，可以在各个区域的医疗机构就诊，并享受相应的医疗待遇。
综上所述，医保和合作医疗在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、报销比例和系统管理等方面都有明显的区别。建议根据自身情况选择合适的医疗保障制度。