医疗保险和合作医疗（新农合）的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医疗保险 ：主要覆盖城镇职工、城镇居民（即非农业户口的居民）以及符合条件的灵活就业人员等。
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合作医疗 （新农合）：专门针对农村居民，且必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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医疗保险 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：由用人单位和个人共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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合作医疗 （新农合）：农民自愿参加，缴费金额相对较低，每年缴费金额大约在10至500元之间，具体金额根据地区经济条件而定。
- 待遇水平 ：
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医疗保险 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：报销比例和额度较高，且累计交满一定年限后，退休后可以免费享受医疗保险待遇。
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城镇居民基本医疗保险 ：报销比例和额度较职工医保低，需持续缴费。
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合作医疗 （新农合）：
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报销比例和额度相对较低，主要用于报销农村居民看病就医的费用，包括门诊、住院补偿以及大病保险等。
- 管理和系统 ：
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医疗保险 ：属于社保系统管理，具有较高的统筹层次和便捷性，可以在各个区域随时报销。
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合作医疗 （新农合）：由卫生局管理，筹资水平和报销比例相对较低，目前只能在县域内的基层医疗机构使用个人账户资金。
- 保障期限 ：
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医疗保险 ：参保人员完成缴费年限后可以终身享受医疗保险待遇。
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合作医疗 （新农合）：交一年保一年，需每年续费才能继续享受待遇。
综上所述，医疗保险和合作医疗在覆盖对象、缴费方式、待遇水平、管理系统和保障期限等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险类型，以确保获得充分和可持续的医疗保障。
