农村合作医疗和城镇医疗保险的主要区别包括以下几个方面：
- 覆盖人群 ：
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城镇医疗保险 ：主要针对城镇职工和居民，包括没有参加城镇职工医疗保险的未成年人和无工作的居民。
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农村合作医疗 ：主要针对农村居民，需以家庭为单位整户参加。
- 缴费标准 ：
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城镇医疗保险 ：缴费标准较高，通常由个人和政府共同承担，个人部分由个人缴纳，政府部分由财政补贴。
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农村合作医疗 ：缴费标准较低，由农民个人、集体和政府多方筹资，政府也会给予一定的财政补贴。
- 报销比例 ：
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城镇医疗保险 ：报销比例通常为85%，覆盖门诊、住院以及指定药店购买药品的费用。
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农村合作医疗 ：报销比例根据医院等级不同有所变化，范围在10%-80%之间，主要集中在住院费用上。
- 管理部门 ：
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城镇医疗保险 ：主要由人力资源和社会保障部门（人社部门）管理。
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇 ：
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城镇医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，保障待遇较高。
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农村合作医疗 ：保障待遇相对较低，但近年来也在不断优化和拓展，逐步缩小与城市医保的差距。
- 参保年限及退休政策 ：
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城镇医疗保险 ：参保累计满15年，退休后可每月领养老金，男性满25年，女性满20年，退休后仍可享受医疗报销待遇。
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农村合作医疗 ：具体政策各地有所不同，但一般要求整户参加，未详细说明退休后的医疗保障政策。
综上所述，城镇医疗保险和农村医疗保险在覆盖人群、缴费标准、报销比例、管理部门和保障待遇等方面存在明显差异。建议根据自身户籍及需求选择合适的医疗保险制度。
