农村合作医疗（新农合）和社会保险中的医疗保险是存在冲突的 ，具体表现在以下几个方面：
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不能同时享受两种待遇 ：根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，一个人不能同时参加两种医疗保险，即不能同时享受新农合和城镇职工基本医疗保险或城镇居民基本医疗保险的待遇。如果同时参加两种医保，在出险后只能选择其中一项进行报销。
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缴费方式不同 ：新农合每年缴费一次，不产生个人账户余额，因此不存在转移费用的问题。而社保中的医疗保险是每月交一次，存在个人账户余额，可以进行转移。
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覆盖对象不同 ：新农合主要针对农村户口的居民，而社保中的医疗保险则针对城镇户口的居民，包括养老、医疗、失业、工伤、生育等多个方面的保障。
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管理和报销方式不同 ：新农合由政府支持，以大病统筹为主，为农民提供基本卫生服务。而社保则是由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算，覆盖面更广，保障能力更强。
综上所述，农村合作医疗和社会保险中的医疗保险不能同时参加，建议选择其中一项进行参保 。如果选择参加职工医疗保险，则需要注销农村合作医疗。这样可以避免重复参保带来的不必要的经济负担，并确保在出险时能够享受到相应的医疗保障待遇。