农村合作医疗（新农合）与灵活就业医保的区别主要体现在以下几个方面：
- 保障范围 ：
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灵活就业医保 ：涵盖基本医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险等多个方面。
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新农合 ：主要提供基本医疗保险和大病保险。
- 参保门槛 ：
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灵活就业医保 ：面向符合条件的灵活就业人员，如个体工商户、自由职业者等。
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新农合 ：主要针对农村户籍居民及流动人口。
- 缴费标准 ：
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灵活就业医保 ：缴费标准相对较低，通常按照收入的一定比例确定，例如北京市为月收入的1.5%。
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新农合 ：缴费标准也相对较低，一般按照收入的一定比例或固定金额缴纳，例如北京市为月收入的3%。
- 参保期限 ：
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灵活就业医保 ：参保期限灵活，可根据需求选择不同时间段。
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新农合 ：参保期限较为固定，通常按年度计算。
- 报销比例 ：
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灵活就业医保 ：报销比例较高，一般在70%—90%之间。
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新农合 ：报销比例较低，一般在50%—70%之间，且在不同地区有所差异。
- 使用范围 ：
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灵活就业医保 ：可用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗等多种场景。
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新农合 ：主要用于住院治疗报销，部分城市也可报销看病就诊费用。
- 个人账户 ：
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灵活就业医保 ：设有个人账户，可用于购买药品或医疗器材，累计缴满一定年限后可终身享受医保待遇。
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新农合 ：不设个人账户，主要用于医疗费用报销。
- 其他区别 ：
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参保时间 ：灵活就业医保从缴费当月起就可以享受医保待遇；而新农合需要集中参保，享受待遇的时间为次年的1月1日至12月31日。
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缴费方式 ：灵活就业医保有个人账户，里面的余额可以在定点医院或者药店购买药品使用；而新农合没有个人账户。
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享受医保时间 ：灵活就业医保缴纳满25年之后，就可以终身享受医保待遇；而新农合为交一年保费才能享受一年保障，不交就没有保障。
综上所述，灵活就业医保和新农合在保障范围、参保门槛、缴费标准、参保期限、报销比例、使用范围和个人账户等方面均存在明显差异。选择哪种医保制度，应根据个人的实际情况和需求来决定。