农村合作医疗和医保卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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农村合作医疗 ：主要面向农民，且需以家庭为单位整户参加，旨在解决农民因病致贫、因病返贫的问题，保障农民基本卫生服务。
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医保卡 （城镇职工基本医疗保险）：包括用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，覆盖在职职工，并规定乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也应纳入基本医疗保险范围内。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗 ：农民自愿参加，每年集中缴费，缴费标准较低，通常根据地区经济条件划分，部分地区可能更高。
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医保卡 （城镇职工基本医疗保险）：费是用人单位和职工共同缴纳的，缴费额度根据职工工资不同略有差别，且用人单位为员工缴纳医疗保险是法律规定的义务。
- 待遇差异 ：
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农村合作医疗 ：费用补助在不同级别医疗机构有所不同，例如县内一级医院100元，二级医院200元，县外医院500元，补助比例也不同。
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医保卡 （城镇职工基本医疗保险）：参保人除享受个人账户费用门诊包干外，还可享受住院医疗、大病补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇，保障更为全面。
- 参保年限 ：
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农村合作医疗 ：没有明确的退休政策，需要终身缴费。
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医保卡 （城镇职工基本医疗保险）：参保累计满15年，退休后可每月领养老金，参保男性满25年，女性满20年，退休后仍可享受医疗报销待遇。
- 其他区别 ：
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医保卡 ：是医疗保险个人账户专用卡，以个人身份证为识别码，储存记载着个人身份证号码、姓名、性别以及账户金的拨付、消费情况等详细资料信息。医保卡一般由当地指定代理银行承办，是银行多功能借计卡的一种。
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社保卡 ：由人力资源和社会保障部统一规划，由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行，用于人力资源和社会保障各项业务领域的集成电路卡，与医保卡不同，社保卡的功能更为广泛，包括养老、失业、工伤和生育保险等。
综上所述，农村合作医疗和医保卡在覆盖对象、缴费方式、待遇和参保年限等方面存在明显的差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保障方式，以确保获得充分的医疗保障。